生态环境监测专业委员会为重庆市环境保护产业协会领导下的生态环境监测专业性分支机构。生态环境监测专业委员会成员由加入重庆市环境保护产业协会的生态环境监测类会员单位根据自愿原则参加，共同发起成立。专业委员会接受协会理事会领导，主动作为，建立相应工作制度，制定生态环境监测专业委员会管理办法及行业规范，重大事项由全体生态环境监测专业委员会成员参与民主决策，一般性事务由生态环境监测专业委员会主任办公会决定，由秘书长牵头执行。秘书处是生态环境监测专业委员会常设机构。

        生态环境监测专业委员会设主任委员1人，副主任委员4人，秘书长（专职或兼职）1人。生态环境监测专业委员会办公室为专业委员会的常设办事机构，设在主任委员单位。